Parsemez 1 cuillère à soupe de sel dans le fond d'un plat ou d'un récipient en plastique suffisamment grand pour contenir les morceaux de canard en une seule couche. Répartissez uniformément la moitié de l'ail, les échalotes et le thym dans le récipient. Disposez le canard, la peau vers le haut sur le mélange puis saupoudrez avec le reste du sel, de l'ail, des échalotes, du thym et d'un peu de poivre. Couvrez et réfrigérez pendant 1 à 2 jours.
Préchauffez le four à 110 °C. Faites fondre la graisse de canard dans une petite casserole, puis enlevez le sel et les assaisonnements à l'aide d'un pinceau. Disposez les morceaux de canard en une seule couche dans un plat de cuisson aux bords hauts ou dans une casserole pour four. Versez la graisse fondue sur le canard (les morceaux de canard doivent être recouverts de graisse) et enfournez. Faites mijoter le canard à feu très doux - juste une bulle de temps en temps - jusqu'à ce qu'il soit tendre et puisse se détacher facilement de l'os, soit 2 à 3 heures. Retirez le plat du four. Laissez refroidir et conservez le canard dans sa graisse. Le confit de canard peut être gardé au frigo pendant plusieurs semaines.